當前，許多地區的水處理實踐普遍存在著藻類問題，高含藻量會影響混凝與沉淀，增加混凝劑量，堵塞濾池，縮短過濾周期，引起臭味，產生藻毒素，與氯作用形成氯化消毒副產物，降低飲用水安全性。

水體除藻設備臭氧發生器的一個處理作用是溶裂藻細胞，另一個作用是殺藻，使死亡的藻類容易被后續過程除去。臭氧發生器是藻類去除的預處理方法，與常規處理及其它技術結合使用是解決富營養化水源中藻類去除問題的有效途徑之一。臭氧發生器在一定條件下能有效地去除某些藻毒素，其去除率的高低主要取決于臭氧發生器的投加量，其次取決于原水的水質（藻毒素類型、有機物性質及濃度、堿度等）。

試驗結果顯示，水體除藻設備臭氧發生器處理過30分鐘的海水中含有40~50萬/ml的單胞藻和原生動物后，再用顯微鏡觀察，發現其所有的原生動植物都死于爆炸；經過水處理臭氧發生器處理的海水繼續培養了兩周后，檢驗測試仍然沒有發現任何生物，而且水質清澈透明；經過臭氧處理的赤潮海水經過30分鐘的臭氧處理后，赤潮海水被氧化成白色透明，水中夜光蟲全部被殺死，呈粉碎狀。

此設備具有良好的滅菌、消毒、凈化水質的功能。臭氧可以氧化許多化合物，可以用來殺滅污染物。在許多消毒劑中，臭氧發生器效果良好。另外一個顯著的特征是分解后形成氧氣，因此增加了消毒區的氧氣含量。